城南小学校の校章は、創立15周年の記念に、学校内外一般から募集し、312点の応募図案の中から、当時6年生の小林憲子さんのものを審査員の方々が選びました。
この校章について、審査員のひとりであった郷土出身の彫金家日展審査員の宮坂房衛先生は、次のように述べております。
「金色にきらきらと城南の文字が、美しく輝いています。そのバックに白い鳥が一羽、羽ばたきして飛び立っています。白い鳥は、平和の鳩を想像してもよいし、もっと大きな鷹でも鶴でもよい。一羽の鳩が今大きく羽ばたこうとする姿であり、また諏訪市のマークの鳥の形にも通ずるものであります。さらにまた、城南小学校に学ぶ雄々しい子どもたちの姿でもあり、今後、大空に高く雄飛する城南小学校でもあります。」